Au cours du XVIIIème siècle, de nouvelles données ont sérieusement remis en cause ce modèle, telles que la sédimentation de couches plus denses sur des couches moins denses, des traces de plusieurs déluges successifs, les vestiges d’une activité volcanique ancienne (comme les cratères en Auvergne)…A cause de toutes ces observations, au milieu du XIXème siècle, à peu près tous les géologues, y compris les géologues chrétiens, pensent que la terre a au moins plusieurs millions d’années. Ces géologues croyants n’ont pas abandonné la Bible, alors que leurs découvertes allaient à l’encontre de leur interprétation initiale. Ils ont continué à étudier la nature et les Ecritures, en envisageant d’autres voies d’interprétation…moins littérales.
Calvin était déjà conscient du fait que le Saint Esprit s’était adapté aux connaissances scientifiques des auteurs bibliques en leur inspirant un message dont la portée était tout autre : celui de la foi dans le Créateur. La Genèse nous parle en effet du soleil et de la lune « deux grands luminaires » que l’auteur biblique met d’ailleurs sur le même plan.
« Ce n’a point été l’intention du Saint Esprit d’enseigner l’Astronomie…Bien que Saturne soit plus grand que la Lune, toutefois parce qu’à cause de la longue distance icelui n’apparaît pas devant les yeux, le Saint-Esprit a mieux aimé, par manière de dire, bégayer, que de fermer le moyen d’apprendre aux ignorants et aux idiots. » Commentaire sur le Psaumes 136 .4-9